《扫黑风暴》剧情慢慢深入，专案组的工作越来越顺利，麦自立案件的真相也浮出水面，背后牵扯的人员甚多，马帅是这件案子的关键人物，但是被黑势力灭口。马帅死后，他的老婆李丽涓记着套现找到董耀，但是被董耀算计了几次，于是李丽涓就把董耀和马帅杀人的事情告诉李成阳。
麦自立失踪前见的人就是马帅，所以剧情开始的时候马帅被问审，结合李丽涓的话就基本证实马帅杀的人就是麦自立。这样看来，马帅的死董耀或许知道什么，李成阳就这样盯上了董耀，还把马帅的巨型照片挂在董耀办公室对面的大楼，这个场面有点滑稽。董耀觉得李成阳实在欺人太甚。
董耀担心事件败露决定离开绿藤市，但是自从董耀想要伊河的项目的时候，李成阳就让人时刻盯着董耀了。另一边陈剑波受了董耀的蛊惑，劫持了李丽涓想让她签字，把伊河的股份转让出来。李丽涓失踪了，李成阳非常担心，他早已把照顾好马帅的太太视为己任，为了救大嫂，李成阳发现了陈剑波的不正常。
后来就让大江把陈剑波绑来了，说董耀要把陈剑波灭口，陈剑波一听很慌张就把所有事情都说出来了，说麦自立失踪的那天晚上，陈剑波接到电话，让他处理一下尸体，埋尸体是被逼的，杀人的事情陈剑波并不知道。马帅和董耀最多是执行，陈剑波负责收尾，真正背后指挥的人是高明远。
专案来绿藤市的那天，高明远就指挥老宁把麦自立的妻子薛梅解决了，马帅也在被贺芸审问的时候被毒杀，很明显真正急着杀人灭口的是高明远。董耀是石门区的区长，在他的管辖范围有了菜霸杨冬的案件，因为这事何勇找到董耀按例询问，董耀明显慌了，就找到高明远寻求帮助。新帅集团文良知道这么多年董耀一直被高明远把控，一定是董耀有把柄在高明远手中。
李成阳继续问陈剑波当天打电话给他去处理尸体的是谁，陈剑说是高明远。十四年前董耀和陈剑波也只是小人物，就干杀人埋尸，看来高明远就是他们的后盾，麦自立因为为人正直，作为工程监管，严格按照规章制度把控工程质量，这样的做法影响了别人的利益，导致被杀害。
然后因为高明远只手遮天，导致薛梅十几年上诉无果，这件案情掩盖了十几年，因为黑势力及其保护伞的存在，寻找真相的过程很艰难，但是正义总会来临。